Las cotizaciones que realizan los afiliados al sistema general de seguridad social en salud pertenecen al Fondo de Solidaridad y Garantía, FOSYGA, por ello están exentas las transacciones que realicen las entidades promotoras de salud de las cuentas de que trata el parágrafo del artículo 182 de la Ley 100 de 1993, hasta que se realice el proceso de giro y compensación previsto para el régimen contributivo. Después de realizado este proceso están gravadas todas las transacciones financieras cuyo propósito sea diferente al cubrimiento de los servicios del Plan Obligatorio de Salud (POS). En tal sentido, los pagos destinados a gastos administrativos están sometidos al Gravamen a los Movimientos Financieros (GMF).
Los pagos que realicen las entidades prestadoras de salud (EPS) y las entidades Administradoras del Régimen subsidiado de Salud (ARS) a las Instituciones Prestadoras de Salud (IPS), por concepto del Plan Obligatorio de Salud están exentos del Gravamen a los movimientos Financieros. Igualmente, cada operación que realicen las instituciones prestadoras de salud (IPS) con los recursos recibidos por el mismo concepto están exentas del gravamen en un cincuenta por ciento (50%), para lo cual deberán identificar la cuenta corriente o de ahorros en la que se manejen dichos recursos. 3. Recursos del sistema general de riesgos profesionales . Gozarán de esta exención las operaciones financieras realizadas con los recursos del sistema general de riesgos profesionales provenientes de las cotizaciones, incluyendo los que permanezcan en las reservas de que tratan los Decretos 2347 de 1995 y 2656 de 1998 y demás normas que los modifiquen, adicionen o aclaren, hasta el pago a la Entidad Promotora de Salud (EPS), a las Instituciones Prestadoras de Salud (IPS) o al pensionado, afiliado o beneficiario, según el caso, y hasta que dichos recursos no sean incorporados al patrimonio de la Administradora de Riesgos Profesionales, al cierre del ejercicio fiscal.
No gozará de esta exención ninguna operación que tenga por objeto el pago o giro de recursos destinados a cubrir los gastos administrativos que realice la administradora de riesgos profesionales.
(EL CONSEJO DE ESTADO - SALA DE LO CONTENCIOSO ADMINISTRATIVO - SECCIÓN CUARTA - MEDIANTE SENTENCIA 16610 DEL 29 DE OCTUBRE DE 2009, DENEGÓ LAS SÚPLICAS DE LA DEMANDANTE CONTRA EL INCISO ANTERIOR).